Πρόεδρος του δικαστηρίου είναι ο στρατηγός Τσόκρης.
Στις 5:35 το πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831 ο Ιωάννης Καποδίστριας δέχθηκε δολοφονική επίθεση από τον Κωνσταντίνο και τον Γεώργιο Μαυρομιχάλη έξω από την εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα, όπου μετέβαινε για να εκκλησιασθεί και έπεσε νεκρός. Ο μόνος που τον συνόδευε ήταν ο μονόχειρας σωματοφύλακάς του, ονόματι Κοκκώνης.
Ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης εφονεύθη επί τόπου από τους προστρέξαντες, οι οποίοι κυριολεκτικώς τον λυντσάρισαν. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης ζήτησε προστασία στη Γαλλική Πρεσβεία. Κατόπιν επιμόνου απαιτήσεως του συγκεντρωμένου πλήθους, που απείλησε ότι θα κάψει την πρεσβεία, ο αντιπρεσβευτής βαρόνος Ρουάν τον παρέδωσε στις αρχές. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης καταδικάσθηκε σε θάνατο από στρατοδικείο και εθανατώθη δια τυφεκισμού το πρωί της 10ης Οκτωβρίου 1831.
Στη θέση του δολοφονημένου Ιωάννη Καποδίστρια διορίστηκε για μικρό διάστημα ο αδερφός του Αυγουστίνος. Η χώρα είχε βυθιστεί στο χάος και την αναρχία και οι Προστάτιδες Δυνάμεις βρήκαν την ευκαιρία να εγκαθιδρύσουν βασιλεία, φοβούμενες την επικράτηση ενός φιλελεύθερου κινήματος.
Η ελληνική πολιτεία τίμησε τον Κυβερνήτη, δίνοντας το όνομά του σε δημόσιους χώρους και ιδρύματα, όπως στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, ο επίσημος τίτλος του οποίου είναι Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Ακόμη, ο Ιωάννης Καποδίστριας απεικονίζεται στο κέρμα των 20 λεπτών της ελληνικής έκδοσης του ευρώ, ενώ το σχέδιο διοικητικής αναδιοργάνωσης της χώρας έλαβε το όνομά του («Πρόγραμμα Ι. Καποδίστριας»).